Im Jahr 2006 wurde durch die Orgel­bau­firma Fleiter aus Münster die 1978 gebaute Orgel der Firma Sauer aus Frankfurt/Oder aus der Kreuz­kirche Berlin-Hohen­schön­hausen in die Fran­ziskus-Xaverius-Kapelle umge­setzt. Die Orgel hat ein Manual mit 7 Regis­tern im Haupt­werk und 1 Register im Pedal. Es gibt eine Pedal­koppel. Die Orgel besitzt mecha­ni­sche Schleifladen.