Die Orgel in der Basi­lika in der St.-Clemens-Kirche wurde im Zuge der Reno­vie­rung der Basi­lika von der Orgel­bau­firma Eisen­barth aus Passau von Grund auf neu aufge­baut bei gleich­zei­tiger Verwen­dung von möglichst viel Pfei­fen­ma­te­rial. Das Gehäuse ist aus dem 18. Jahr­hun­dert und wurde 1787/88 von Gebr. Kleine aus Freck­hausen gebaut. 2 Register im Pedal und fast 2 Register im Haupt­werk stammen noch aus dem Jahr 1928 von der Firma Speith. 3 Register im Pedal und 6 Register im Haupt­werk stammen von der Orgel­bau­firma Stock­mann aus Werl. Diese Pfeifen kamen bei der Restau­rie­rung im Jahr 1987 durch Stock­mann hinzu.

Die Orgel besitzt mecha­ni­sche Schleif­laden. Die Spiel­trak­turen sind mecha­nisch. Der Rest der Orgel ist compu­ter­ge­steuert. Außerdem kann man von dem Spiel­tisch aus auch die neue Eisen­barth-Orgel in der neuen Kirche anspielen und umgekehrt.

Das Schwell­werk lässt sich ins Haupt­werk koppeln. Mit 3 Subkop­peln gibt es auch die Möglich­keit, den gespielten Ton eine Oktave tiefer mitzu­kop­peln. Die Register beider Manuale lassen sich ins Pedal koppeln. Ein Glocken­spiel im Haupt­werk ist eine weitere Beson­der­heit der Orgel. Mit insge­samt 31 Regis­tern und einem Tremu­lanten ist die Orgel sehr gut ausgestattet.

Die Tasten der Manuale sind aus Holz. Die Halb­ton­tasten sind hell und die anderen dunkel.